El Programa Paulo Freire + contempla dos tipos de Becas:
Modalidad Junior
La modalidad junior implica realizar presencialmente todo el doctorado en una universidad de otro país de la región, lo que contribuye a la creación de vínculos sólidos entre universidades (les permite compartir proyectos de investigación, publicaciones, etc.) y la creación de redes temáticas entre universidades. El alumno tiene un plazo de tres años para completar su doctorado en esta modalidad.
Modalidad Senior
La modalidad sénior permite al profesor universitario o investigador compaginar su formación doctoral con su carrera docente y su vida personal. De este modo, el doctorando tan sólo tendría que estar en la universidad de destino en la que cursa el doctorado el primer año de sus estudios (tiempo para integrarse en el equipo de investigación, definir su tema de investigación y comenzar su tesis). Los otros tres años que tiene para completar el doctorado estaría trabajando en su tesis en su institución o universidad de origen, compatibilizando la misma con su trabajo docente. Durante esos tres años siguientes está previsto que pueda realizar estancias de tres meses en su universidad de destino, para continuar su investigación y no perder el vínculo con el equipo de investigación.